Při čištění flexotiskového stroje musí být typ čisticí kapaliny, který má být zvolen, zohledněn dvěma aspekty: jedním je, že by měl odpovídat typu použitého inkoustu;další je, že nemůže způsobit bobtnání nebo korozi tiskové desky.Před tiskem je třeba tiskovou desku očistit čisticím roztokem, aby byl povrch tiskové desky čistý a bez nečistot.Po odstavení je třeba tiskovou desku ihned vyčistit, aby nedošlo k zaschnutí a ztuhnutí vytištěné barvy na povrchu tiskové desky.